İlk “Uşaq xəstəlikləri” kafedrası 1920-ci ildə yaradılmışdır (indiki müalicə –profilaktika fakultəsinin “Uşaq xəstəlikləri” kafedrası). Bu ilk pediatriya kafedrasına professor A.Karnitski rəhbərlik etmişdir. Sonrakı dövrlərdə Respublikamızda pediatriyanın inkişafında böyük xidmətləri olmuş professor Ə.Qarayev, Z.Hüseynbəyov və digər klinisistlər öz elmi-pedaqoji fəaliyyətlərini məhz həmin kafedrada başlamışlar.1937-ci ildə Pediatriya fakultəsinin ilk iki profil kafedraları təşkil edilir. Bunlardan biri uşaqların fiziologiyası və dietetikası kursu daxil olmaqla kiçik yaşlı uşaqların xəstəlikləri kafedrası (müdiri professor Z.Hüseynbəyov), digəri isə professor Ə.Qarayevin rəhbərlik etdiyi uşaq yoluxucu xəstəlikləri və vərəm kursu daxil olmaqla böyük yaşlı uşaqların xəstəlikləri kafedrası idi. Bu kafedralar fəaliyyət göstərdikləri müddətdə həkim kadrlarının hazırlanmasında əsas rol oynamışlar.
1945-ci ildə təsdiq edilmiş yeni tədris planı və ştat nizamnaməsinə müvafiq olaraq fakultənin mövcud profil kafedraları əsasında “Fakultə pediatriyası” (ilk müdiri prof. Ə.Qarayev), “Hospital pediatriya” (ilk müdiri dos.A.Əmircanov), “Uşaq xəstəliklərinin propedevtikası” (ilk müdiri S.Hacıyeva) kafedraları yaradıldı.
Ə.F.Qarayevin vəfatından sonra 1952-1963-cü illərdə “Fakultə pediatriyası” kafedrasına dosent Q.B.Bron rəhbərlik etmişdir. Sonrakı 7 il ərzində kafedra müdiri vəzifəsində dos. S.İ.Hacıyeva (1963-1970) işləmişdir. 1970-ci ildə prof.L.M.Hüseynova kafedranın müdiri vəzifəsinə seçilmiş və bu vəzifədə 1987-ci ilə qədər işləmişdir. Onun kafedraya rəhbərlik etdiyi illərdə kafedranın əməkdaşları raxit, uşaqlarda tənəffüs sistemi xəstəlikləri və irsi xəstəliklər problemlərinə dair elmi – tədqiqat işləri aparmışlar.
1982-ci ildə “Hospital pediatriya” kafedrası əsasında I və II uşaq xəstəlikləri kafedraları yaradılmış, “Fakultə pediatriyası” kafedrası isə “III uşaq xəstəlikləri” kafedrası adlandırılmışdır. Sonradan I və II uşaq xəstəlikləri kafedraları birləşərək, “I uşaq xəstəlikləri”, “III uşaq xəstəlikləri” kafedrası isə “II uşaq xəstəlikləri” kafedrası adlandırılmışdır.
1987-ci ildən 1989-cu ilə qədər «II Uşaq xəstəlikləri» kafedrasına prof. P.D.Kats rəhbərlik etmişdir. Bu illər ərzində kafedrada aparılan elmi işlərin əsas mövzuları uşaqlarda allergik proseslər və tənəffüs sistemi xəstəlikləri problemlərini əhatə edirdi.
Prof. P.D. Kats 1989-cu ildə xarici ölkəyə köçməsi ilə əlaqədar olaraq öz xahişi ilə işdən azad edilmişdir. Bundan sonra «II Uşaq xəstəlikləri» kafedrasının müdiri vəzifəsinə ə.e.x.,prof. Amaliya Abdulla qızı Əyyubova seçilmişdir.
«II Uşaq xəstəlikləri» kafedrasında 2016-cı ilə kimi pediatriya fakultəsinin IV-VI kurs tələbələrinə, 2016-2017-ci tədris ilindən isə II müalicə profilaktika, tibbi-profilaktika və hərbi tibb fakultələrinin tələbələrinə dərs keçilir.
Kafedrada tədris prosesini yüksək səviyyədə aparmaq üçün hər cür şərait yaradılmışdır; dərslərdə mövzu üzrə xəstələrin nümayiş etdirilməsindən əlavə, müxtəlif əyani və texniki vəsaitlərdən (cədvəllər, slaydlar, videofilmlər və s. tədris vəsaitləri) istifadə edilir; kafedranın əməkdaşları müxtəlif xəstəliklər haqqında vidiofilmlər yaradılmasında bilavasitə iştirak edirlər. Burada Azərbaycan və rus dillərində tədris vəsaitləri, nümunəvi xəstəlik tarixləri hazırlanmışdır. Tələbələr nəzəri biliklərə yiyələnməklə yanaşı, xəstələrlə sərbəst işləyir, gecə növbəsində qalır, klinikada keçirilən elmi-praktik konfranslarda, tələbə elmi cəmiyyətinin konfranslarında iştirak edirlər.
Kafedrada tələbələrin dərslik və dərs vəsaitləri ilə təmin edilməsinə siddi diqqət yetirilir. 1982-ci ildə prof. L.M.Hüseynovanın iki sildlik «Uşaq xəstəlikləri» dərs vəsaiti çapdan çıxmışdır, 1987-ci ildə bu dərs vəsaitinə prof. T.H.Qurbanovun həmmüəllifliyi ilə III cild də əlavə edilmişdir.1988-ci ildə professorlar – P.D. Kats və A.A.Əyyubovanın «Uşaqlarda qida allergiyası», 1989-cu ildə dos. J.M.Nəsrullayevanın «Uşaqlarda residivverən respirator xəstəliklər» adlı monoqrafiyaları çap edilmişdir. 1989-cu ildə pediatriya fakultəsinin IV-VI kursları üçün Azərbaycan və rus dillərində «Klinik pediatriyadan situasion məsələlər» toplusu tərtib edilmişdir. Prof. A.A.Əyyubovanın redaktəsi altında 2000-ci ildə «Uşaq xəstəlikləri» dərsliyi çıxmış və sonrakı illərdə dərslik üzərində işlənərək təkmilləşdirilmişdir. Eləcə də A.A.Əyyubova, G.M.Nəsrullayevanın-»İmmunologiya», «Klinik İmmunologiya», L.İ. Allahverdiyeva və A.A.Əyyubovanın «Respiratornaə allerqiə u detey « adlı monoqrafiyası, A.A.Əyyubova, H.H.Qabulovun «Tozcuq sensibilizasiyası ilə əlaqədar uşaqlarda bronxial astma», G.Ə.Əhmədovun «Uşaqlarda 1-ci tip şəkərli diabet» adlı metodik vəsaitlər çap olunmuşdur.
Kafedra əməkdaşları tərəfindən «Uşaqlarda bronxial astmanın- Milli proqramı”, «Bronxial astma» və «Tez-tez xəstələnən uşaqlar» barədə praktik həkimlər üçün tövsiyələr, A.A.Əyyubova, H.H.Qabulov, N.H.Sultanova “Uşaq xəstəlikləri” klinik məsələlər; A.A.Əyyubova, E.S.Səfərəliyeva, N.H.Sultanova, A.İ.Ağayeva “Uşaq poliklinikasının işinin təşkili” adlı dərs vəsaiti, A.A.Əyyubova, H.H.Qabulov, N.H.Sultanova, G.M.Nəsrullayeva “Childhood diseases, textbook for medical students”adlı dərs vəsaitləri hazırlanmışdır.
Kafedranın professor-müəllim heyəti təkcə respublikamızda deyil, həm də müxtəlif xarici ölkələrdə keçirilən elmi konqres və qurultaylarda iştirak edir, elmi məruzələrlə cıxışlar edirlər. Kafedrada aparılan elmi-tədqiqat işləri son 20 il ərzində 300-dən artıq elmi məqalənin mövzusunu təşkil etmişdir. Bu illər ərzində kafedra əməkdaşlarının 12 səmərələşdirici təklifi müəlliflik şəhadətnaməsi ilə qeyd edilmişdir; son 20 il ərzində kafedrada 3 elmlər doktoru, 18 elmlər namizədi hazırlanmışdır.
Bakı şəhərinin bir sıra uşaq poliklinikaları və uşaq allerqoloji mərkəzi kafedra əməkdaşlarının konsultativ yardımından istifadə edir. Son illərdə kafedranın əməkdaşları (prof. A.A.Əyyubova, ass. M.K.Kərimova və b). Azərbaysan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin, Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatının və YUNİSEF uşaq fondunun respublikanın müxtəlif şəhər və rayonlarında keçirdiyi, kəskin respirator infeksiyalar və diareya üzrə seminarlarda iştirak etmişlər. Kafedrada Türkiyə Respublikası, Çin Xalq Respublikası, Kanada, İrandan gəlmiş həkimlər də təkmilləşmə keçir, öz nəzəri biliklərini artırır, praktik vərdişlərə yiyələnirlər.
2016-cı ildən “II Uşaq xəstəlikləri” kafedrası “Neonatologiya” kafedrası ilə birləşib, 15 əməkdaş əlavə olunub.Bunun nəticəsində hal-hazırda “II uşaq xəstəlikləri” kafedrasında 36 nəfər (24 akademik və 12 texniki işçi var.