III cərrahi xəstəliklər kafedrası (keçmiş I fakültə cərrahiyyəsi kafedrası) ilk olaraq Azərbaycan Dövlət Universitetinin tibb fakultəsinin nəzdində 1919-cu ildə təşkil edilmiş və Elmi Şuranın qərarı ilə kafedraya rəhbərliyə professor A.A.Oşman seçilmişdir.
1920-1927-ci illərdə kafedra əməkdaşları tərəfindən kliniki cərrahiyyənin müxtəlif sahələrinə, xüsusən vərəmin cərrahi müalicəsinə həsr olunmuş elmi-tədqiqat işləri aparılmış və bu tədqiqatların nəticələrinə həsr olunmuş 50-yə qədər məqalə çap etdirilmişdir.
1930-cu ildə Elmi Şuranın qərarı ilə fakültə cərrahiyyəsi kafedrasına professor M.A.Topçubaşov rəhbər seçilmişdir.
1930-1937-ci illərdə kafedrada öd daşı xəstəliyi, böyrək daşı xəstəliyinin cərrahi müalicəsinə aid bir sıra tədqiqat işləri aparılmış, pielotomiya, tikişsiz uretrotomiya, splenomeqaliyalar zamanı dalaq arteriyasının bağlanmasından sonra, xolesistektomiyadan sonra orqanizmdə baş verən dəyişikliklər eksperimental tədqiqatlarla öyrənilmişdir.
1920-1930-cu illərdə üç dəfə Almaniyada elmi məzuniyyətdə olan M.A.Topçubaşov, o dövr üçün geniş yayılmış malyariya xəstəliyi üzərində böyüksəylə işləmiş və 1930-cu ildə "Malyariya mənşəli splenomeqaliyanın klinikası, patologiyası və cərrahi müalicəsi" mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müvəffəqiyyətlə müdafiə etmiş, tibb elmləri doktoru, professor adına layiq görülmüşdür.
Kafedrada keyitmə məsələlərinə həsr olunmuş tədqiqat işlərinin nəticəsində 1938-ci ildə professor M.A.Topçubaşov tərəfindən efir-yağ narkozu-analgezin kəşf edilmiş və bu keyitmə üsulu cərrahlıqda dövrü üçün çox böyük yer tutmuşdur. Bu üsulun əsas üstünlüyü ondan ibarət idi ki, xəstələrdə narkoz yuxusu deyil, analgeziya ilə amneziya halı (ağrını hiss etməmək və əməliyyata qədər olan bütün duyğularının yadda qalması) baş verirdi.
Kafedra əməkdaşları tərəfindən travmatik şok, tetanus qıc olmaları, sonralar doğuşun ağrısızlaşdırılması, öd yollarında cərrahi əməliyyatlardan sonra rezidual daşların müalicəsində analgezinin tətbiqinə aid çoxsaylı elmi-tədqiqat işləri aparılmışdır.
Böyük Vətən Müharibəsi illərində kafedra əməkdaşları cəbhə bölgələrində olmaqla yaralılara ixtisaslaşmış yardımın göstərilməsində xüsusi səylə çalışımışlar.
Müharibə dövründə ilk dəfə olaraq professor M.A.Topçubaşov hospitallar sistemində hərbi-səhra cərrahlığının profilləşməsini tətbiq etmiş və bunun sayəsində ixtisaslaşmış evakohospitallar (torakal, neyro cərrahlıq, uroloji, travmatoloji) yaradılmışdır.
Kafedra müdiri M.A.Topçubaşov 1941-ci uldə Səhiyyə Nazirliyinin hərbi xəstəxanalar idarəsinin baş cərrahı təyin olunmuşdur.
Kafedra əməkdaşlarından F.Ə.Əfəndiyev-torakal, M.B.Əbiyev-uroloji hospitallara rəhbərlik etmişlər. əməkdaşlardan X.Hacıyev müharibə dövründə Ordunun baş cərrahı, Ə.Aslanzadə, Ə.Qayıbov, T.Burtikova və başqaları döyüş bölgələrində olmaqla Respublika ərazisində olan evakohospitallarda fədakarlıqla çalışmışlar.
Müharibə dövründə kafedra əməkdaşları tərəfindən aparılan elmi-tədqiqat işlərinin əsas mövzusu hərbi səhra cərrahiyyəsinin aktual məsələlərinə aid idi.
Bunlara misal olaraq orqanizmin müxtəlif nahiyyələrindən yad cisimlərin çıxarılması sahəsindəki tədqiqat işlərini xüsusi qeyd etmək lazımdır. 1941-ci ilin sonunda M.A.Topçubaşovun təklifi əsasında bədəndə olan yad cisimlərin lokalizasiyasını təyin etməyə imkan verən universal cihaz quraşdırıldı və müvəffəqiyyətlə neyro-cərrahi hospitallarda tətbiq edildi.
Elmi-tədqiqat işlərinin nəticəsi olaraq kəllə sümükləri defektlərinin zədələnmiş nahiyyənin ətrafından götürülən sümüklər vasitəsilə autoplastikası, periferik sinirlərin zədələnməsi zamanı baş verən iflicin tendomioplastika üsulu ilə müalicəsi, sinir liflərinin yaralanması zamanı mum-parafin tübajından istifadə edilməsi, yanıqlar zamanı parafin opplikasiyasının tətbiqi, lüləli sümüklərin sınıqları zamanı təcili aparılan metal-osteosintez üsulundan istifadə olunması hospitallarda müvəffəqiyyətlə tətbiq olunurdu.
1942-1948-ci illərdə zəngin kliniki materiallar nəticəsində kafedra əməkdaşlarından üç nəfər doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir: F.Ə.Əfəndiyevin "Plevra boşluğuna yığışan qanın taleyi", M.B.Əbiyevin "Böyrək və sidik axarlarının ağırlaşmış güllə yaraları", M.F. Makletsovun "Kauzalgik sindromun cərrahi müalicəsi" mövzusunda müdafiə etdikləri doktorluq dissertasiyaları həmin dövr üçün dəyərli tədqiqat işləri hesab olunurdu.
1946-cı ildə Müalicə-profilaktika fakultəsinin Fakultə cərrahiyyəsi kafedrası 2 saylı Şəhər Kliniki xəstəxanasının (hazırda M.Ə.Əfəndiyev adına xəstəxana) bazasına köçdü. Bu xəstəxanada cərrahi şöbənin fəaliyyətində işlərin düzgün təşkil edilməsi üçün bir sıra əməli işlər görüldü. Qəbul şöbəsinin rekonstruksiyası, əməliyyata qədərki və əməliyyatdan sonrakı palataların təşkili, irinli cərrahi patologiyalar üçün xüsusi şöbənin ayrılması, müstəqil travmotoloji, uroloji şöbələrin təşkil edilməsi, qəbul şöbəsinə bitişik təcili əməliyyat olunan xəstələr üçün xüsusi şöbənin yaradılması, sonralar operasion auditoriyanın tikilməsi, daha sonralar tələbələr üçün geniş mühazirə zalının və əməliyyatdan sonrakı xəstələr üçün xüsusi şöbənin tikilərək istifadəyə verilməsi kimi əməli tədbirlər həyata keçirildi.
1946-cı ildə klinika nəzdində vivarisi və operasion otaqları olan eksperimental şöbə yaradıldı. 20 il ərzində bu şöbədə 2000-dən artıq eksperimental tədqiqatlar aparıldı. Təcrübə heyvanları üzərində aparılan tədqiqatlar qaraciyər, portal venoz sistemində, dalaq üzərində, mədəaltı vəz, periferik və magistral damarların patologiyalarına həsr olunmuş tədqiqatlar idi.
Eksperimental tədqiqatların nəticələrinə aid klinika əməkdaşları tərəfindən bir sıra doktorluq və namizədlik dissertasiyaları müdafiə edilmişdir. 60-cı illərdə eksperimental şöbə Eksperimental və kliniki təbabət institutuna verildi.
Klinika nəzdində fəaliyyət göstərən 60 çarpayılıq travmatoloji şöbə əsasən neftçilərə xidmət göstərməklə, təcili travmatoloji yardımın göstərilməsində xüsusi rol oynayırdı. Bu şöbədə 60-cı illərə qədər 3500 yanıqlı xəstələr parafin terapiyası almaqla müvəffəqiyyətlə müalicə olunmuşlar. Qapalı kəllə-beyin travmaları münasibətilə klinikaya qəbul olunmuş xəstələrin müalicəsində akademik M.A.Topçubaşovun təklif etdiyi "Hipoterm" aparatı müvəffəqiyyətlə tətbiq edilmiş və bu sahədə aparılan elmi-tədqiqat işlərinin nəticələrinə aid namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmişdir (Z.Ə.Ağabəyli).
Klinika əməkdaşlarından Ə.P.Əliyev portal hipertenziyanın müalicəsinə aid eksperimental, kliniki və meyitlər üzərində apardığı 15 illik tədqiqatlar nəticəsində (1951-1965) doktorluq dissertasiyası müdafiə etmiş, Azərbaycan Respublikası Elmlər Akademiyası tərəfindən tədqiqatların nəticələri xüsusi monoqrafiya şəklində nəşr etdirilmişdir.
Kaferdada yoğun bağırsağın, mədəaltı vəzin onkoloji xəstəliklərinə aid çoxsaylı tədqiqatlar aparılmışdır. 10 ildən artıq aparılan eksperimental və kliniki tədqiqatlar nəticəsində pankreato-duodenal rezeksiyanın yeni modifikasiyasına həsr olunmuş tədqiqat işlərinin nəticəsi kafedra əməkdaşlarından İbrahim Mustafa oğlu Topçubaşov tərəfindən doktorluq dissertasiyası kimi müdafiə olunmuşdur.
1963-cü ildə Respublika Elmlər Akademiyasının nəşriyyatı tərəfindən professor İ.M.Topçubaşovun "Mədəalti vəzin və fater məməciyinin xərçənginin cərrahi müalicəsi" adlı monoqrafiyası çap olunmuşdur.
1950-ci illərdən kafedra əməkdaşları tərəfindən akademik M.A.Topçubaşovun təklif etdiyi abdomino-diafraqmal kəsiyin tətbiqinə aid çoxsaylı tədqiqat işləri aparılmışdır. Bu kəsiyin köməyi ilə splenektomiya, qaraciyərin diafraqmal səthi, portokaval, splenorenal anastomozların qoyulması, bel simpatektomiyası və digər əməliyyatların icrasına həsr olunmuş çoxsaylı məqalələr çap etdirilmişdir (Ə.Ə.Əhmədov, Ə.Ə.Abbasov).
Sonralar akademik M.A.Topçubaşov tərəfindən lumbo-diafraqmal kəsiyin böyrək və böyrəküstü vəzilərdə əməliyyatlar zamanı tətbiq edilməsinə aid bir sıra tədqiqat işləri aparılmışdır ( 300-dən artıq xəstə üzərində tətbiq olunmuşdur).
1930-1980-cı illər ərzində kafedra əməkdaşları tərəfindən 800-dən artıq elmi məqalələr çap etdirilmişdir, əməkdaşlar tərəfindən 20-dən artıq monoqrafiya yazılmışdır (H.Paşayev, E.Rəhimov, B.R.Baxşəliyev, Z.A.Tahirova, Ş.X.Əliyev, A.B.Şadlinski, G.Kərimova, T.Burtikova, Q.Hüseynov, Ə.Ə.Abbasov, A.S.Hüseynov, F.Axundov, R.Salayev, D.Şəfiyeva, R.Aslanzadə, H.Əmiraslanov, İ.Qafarov, Z.Ağabəyli).
Kafedra müdiri M.A.Topçubaşov tərəfindən qırx illik müşahidələrin nəticələrinə əsasən beş cildlik "Xüsusi Cərrahiyyə" kitabı yazılmış və çap etdirilmişdir. Əməkdaşlar tərəfindən "Kliniki terminlər lüğəti", "Qaraciyər və öd yollarının cərrahi xəstəlikləri", "Xroniki appendisit", "Diafraqma altında yerləşən orqanlara operativ yollar", "Obliterasiyaedici endoarteriit zamanı yüksək bel simpatektomiyası" və digər monoqrafiyalar çap etdirilmişdir (Ə.P.Əliyev, Ə.Ə.Abbasov, Ə.Ə.Əhmədov, A.S.Hüseynov). 1930-1980-cı illər ərzində 29 namizədlik, 11 doktorluq müdafiəsi edilmiş, 12 dərs vəsaiti, 21 monoqrafiya çap etdirilmişdir.
1983-1994-cü illərdə kafedraya professor H.M.Kərimov rəhbərlik etmişdir. Bu dövrdə kafedrada cərrahi qastroenterologiyanın bir sıra problemlərinə xüsusən mədə və 12 barmaq bağırsaq xoraları münasibətilə üzvü saxlayıcı əməliyyatlara aid çoxsaylı tədqiqat işləri aparılmışdır.
1994-2003-cü illər ərzində (kafedra müdiri professor İ.N.Ağayev) kafedra əməkdaşları Elmi Tədqiqat Mərkəzi ilə əlaqəli tədqiqat işləri aparmışlar.
Həmin dövr üçün kafedra əməkdaşları əsasən peritonitin müalicəsini optimallaşdırmaq istiqamətində eksperimental və kliniki tədqiqatlar apararaq, namizədlik dissertasiyaları müdafiə etmişlər (Y.Q.Əliyev, Ə.H.Əliyev, V.Ə.Rəhimov).
Eksperimental və kliniki müşahidələrin nəticələrinə əsaslanaraq "Peritoneal intoksikasiya" adlı monoqrafiya çap etdirilmişdir (Q.Ş.Qarayev, Ş.X.Əliyev, Y.Q.Əliyev).
Çox illik müşahidələrin nəticələrinə əsaslanaraq kafedra əməkdaşlarından B.R.Baxşəliyev, E.M.Rəhimov doktorluq dissertasiyaları müdafiə etmişlər.
B.R.Baxşəliyev tərəfindən "Qarın boşluğu orqanlarının kəskin cərrahi xəstəlikləri" adlı monoqrafiyası çap etdirilmişdir.
2003-cü ildən etibarən kafedraya professor Ə.M.Məmmədov rəhbərlik edir.
2003-2009-cu illər ərzində kafedra əməkdaşlarının əsas elmi-tədqiqat işləri qarın boşluğu üzvlərinin kəskin cərrahi xəstəlikləri və endotoksikoz probleminə həsr olunmuşdur. Elmi tədqiqat işlərinin nəticələrinə həsr olunmuş 300 qədər məqalə, çoxsaylı metodiki vəsaitlər, monoqrafilayalar çap etdirilmiş, doktorluq və namizədlik dissertasiyaları müdafiə edilmişdir.
Bu illər ərzində kafedranın əməkdaşlarından Vəliyev N.Ə. doktorluq dissertasiyası, Rəhimov V.Ə., Əliyev Ə.H., Ramazanov C.N., Məmmədov R.A. namizədlik dissertasiyalarını müdafiə etmişlər.
Hal-hazırda kafedra əməkdaşlarından Həmzəyev S.M. doktorluq dissertasiyası üzərində, Eyvazova K.Ə., Nəsibov E.Y., İsmayılov V.F. namizədlik dissertasiyaları üzərində işləyirlər.
Kafedra əməkdaşlarından professor Iskəndərov F.İ. (ATU-nun I müalicə-profilaktika fakultəsinin Elmi Şurasının üzvü), dosent Şıxəmmədov N.Ə. (ATU-nun I müalicə-profilaktika fakultəsinin dekanı), dosent Əliyev Ş.X. (ATU-nun İstehsalat təcrübəsi üzrə dekanı), dosent Sultanov Ə.P. (ATU-nun I müalicə-profilaktika fakultəsinin dekan müavinı) universitetin ictimai həyatında fəal iştirak edirlər.