II Cərrahi xəstəliklər kafedrası (1982‑ci ilə qədər II Hospital cərrahiyyə kafedrası adlanıb) N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun nəzdində 1967-ci ildə təşkil olunmuşdur. Kafedranın yaradılmasının əsas məqsədi müalicə‑profilaktika fakultəsinin tələblərinə klinik cərrahiyənin tədrisinin təkmilləşdirilməsi olmuşdur. Kafedra Respublikanın aparıcı müalicə müəssələrindən biri olan Bakı şəhəri 5 saylı klinik xəstəxananın cərrahiyyə şöbəsinin bazasında təşkil olunmuşdur.
Kafedranın təşkilatçısı və ilk rəhbəri SSRİ və Azərbaycan cərrahiyyə elminin görkəmli xadimlərdən biri olan professor Hüseyn Kərim oğlu Əliyev olmuşdur.
Təşkil edilən gündən kafedranın əsas fəaliyyət istiqamətləri tədris‑metodiki işin təşkilindən, klinik cərrahiyyənin aktual məsələlərinə həsr olunmuş elmi tədqiqatların, həmçinin praktik səhiyyə işinin aparılmasından ibarət olmuşdur.
1972‑ci ildən hal‑hazıra qədər II Cərrahi xəstəliklər kafedrasına tanınmış azərbaycan cərrahı, böyük alim, Respublukanın əməkdar elm xadimi, professor, Azərbaycan respublikasının Elmlər Akademiyanın həqiqi üzvü Böyükkişi Ağa oğlu Ağayev fasiləsiz rəhbərlik edir.
Keçən illər ərzində kafedranın müdiri akademik B.A.Ağayevin rəhbərliyi altında kafedrada qaraciyərin, öd yollarının, mədə və on iki barmaq bağırsağın, mədəaltı vəzin, nazik, yoğun və düz bağırsaqların patologiyaları kimi əhəmiyyətli və aktual cərrahi problemlər üzərində xeyli elmi tədqiqatlar aparılmışdır. Klinikada ən ağır cərrahi patologiya ilə yatan xəstələrin müalicəsində kafedranın professor‑dosent heyəti aparıcı rol oynayır: texniki cəhətdən ən ağır cərrahi əməliyyatlar kafedrada ənənəvi olaraq kafedra müdiri akademik B.A.Ağayev icra edir.
Keçən illər ərzində kafedrada bir sıra böyük elmi kadrlar və yüksək ixtisaslı mütəxəsislər hazırlanmışdır. Mövcud olduğu keçən illər ərzində kafedrada 2 tibb elmləri doktoru və 20 tibb elmləri namizədi hazırlanmışdır. Hal‑hazırda onların çoxu zirda Respublikada və xaricdə ayrı‑ayrı müalicə və elm müəssisələrində fəaliyyət göstərirlər.
Son illərdə kafedranın Türkiyənin, MDB ölkələrinin, Almaniyanın və s. ölkələrin elmi mərkəzləri ilə sıx əlaqələri yaranmışdır. Kafedra əməkdaşları mütəmadi olaraq bu mərkəzlərə konfranslara, ixtisas artırma kurslarına gedərək, qabaqcıl tibbi texnologiyalarla, yeni cərrahi əməliyyatlarla və tibbi tədrisin yenilikləri ilə tanış olurlar.
1997‑ci ildə kafedra müdiri akademik B.A.Ağayev M.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyə Mərkəzinin direktoru təyin olunandan sonra II Cərrahi xəstəliklər kafedrasının klinik bazası genişlənmişdir. Hal‑hazırda kafedra Bakı şəhəri 5 saylı klinik xəstəxananın cərrahiyyə şöbələrində və akademik M.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyə Mərkəzində olmaqla iki klinik bazaya malikdir.
Ənənəvi olaraq kafedrada tədris‑metodiki işə böyük diqqət yetirilir. Hər il kafedrada 300‑ə yaxın II Müalicə‑profilaktika fakultəsinin tələbələrinə mühazirələr oxunur və praktiki məşğələlər keçirilir. Azərbaycan Tibb Universitetin digər kafedraları kimi, II Cərrahi xəstəliklər kafedrası da tədrisdə qabaqçıl sayılan Bolon (kredit) sisteminə keçməyə hazırlaşır.
Kafedranın klinik bazalarında tələbələrin xəstələrin müayinəsində, müalicə prosessində (o cümlədən cərrahi əməliyyatlarda) iştirakı, elmi‑tədqiqat işlərinin aparılması üçün geniş şərait yaradılmışdir. Tələbələr öz müəllimlərilə birlikdə daimi olaraq xəstələrin baxışlarında iştirak edirlər.
Hal‑hazırda kafedrada dərslər azərbaycan, rus və ingilis dillərində aparılır. Müəllim və tələbələr əsas dərs vəsaiti kimi akademik B.A.Ağayevin azərbaycan dilində yazdığı “Cərrahi xəstəliklər” adlı dərsliyindən istifadə edirlər. Bu dərslik bir neçə dəfə nəşr olunmuş, müəllimlər və tibb tələbələri arasında populyarlıqda istifadə olunmaqdadır.
Hal hazırda kafedrada planlı elmi tədqiqat işləri davam etdirilir. Qaraciyər sirozu və portal hipertenziyanın müalicəsində orqan, eləcə də kök hüceyrə transplantasiyasının aspektləri üzərində tədqiqatlar aparılır.